تاریخچه
تاريخ آغاز ساخت اين بنا به سال 1258 هـ.ق و پايان ساخت 1265 هـ.ق مي باشد ( 8 سال ). این بنای باشکوه که آخرین بنای معظم ساخته شده در دوران انحطاط معماری و هنر ایران می باشد توسط معماری به نام استاد شعبانعلی پشت مشهدی ساخته می شود. مشهور است که این معمار بنام با دستمزد دریافتی اش برای ساخت مسجد آقابزرگ ، رواقی را در حرم حضرت امام رضا (ع) می سازد. نقاشی های بنا بدست استاد حاج محمدباقر قمصری انجام شده و کتیبه های بنا کار استاد اسدالله ، استاد محمدحسین کاشی و استاد حاج ابراهیم معارفی می باشد.

وجه تسميه ي مسجد:
مجتهد بزرگ كاشان ملا محمد مهدي نراقي ( ملا محمد بن ابيذر) فرزند آخرش موقعي به دنيا مي آيد كه خودش فوت مي كند ، بنا به رسم آنزمان نام پدر را بر فرزند می گذارند و پس از مدتي فرزند هم مجتهد مي شود و مردم كاشان به دليل اين تشابه اسمي به پدر « آقا بزرگ » و به فرزند « آقا كوچك » مي گويند . محمد شاه قاجار در راه سفر به اصفهان چند روزي در كاشان اقامت و طی آن با علمای شهر و از جمله با ملامحمد مهدي ( آقا كوچك ) ملاقات مي كند ، متوجه مي شود كه ايشان از لحاظ علمي بسيار بالا هستند ، به مردم كاشان امر مي كند از اين به بعد به ايشان هم آقا بزرگ بگويند و به حاج محمد تقي خانبان (حاکم وقت شهر) هم دستور می دهد تا اين مسجد و مدرسه را براي ايشان بنا كرده و دختر خود را به عقد ايشان درآورند. 
در جلسه اي كه شاه و علما داشتند شاه پس از ديدن مقام علمي ملامحمد مهدي از ايشان و علما خواست تا از او درخواستي داشته باشند . ملا محمد مهدی می گوید پشه ها را از ما دور كن! شاه گفت درخواستي از من بكنيد كه بتوانم آن را اجابت كنم . من از انجام اين كار عاجزم ، گفتند براي ما رعيت ها مسجدي بنا كنيد تا در آن نماز بخوانيم و شاه آنگونه كه شرحش رفت اين درخواست را اجابت كرد. 

بخشهای مختلف بنا: 
پیرنشین ها:
در قسمت ابتدايي بنا دو سكو در دو طرف بنا برمي خوريم به نام پیرنشین ، علت تعبيه اين سكوها هم اين بوده است كه اشخاصي كه از كوچه عبور مي كنند اگر باري بر دوش دارند براي رفع خستگي بار خود را روي اين سكوها قرارداده و استراحت كنند و دليل بعدي و مهمتر ؛ افراد سالمند و پير بوده اند تا روي آنها به استراحت بپردازند. 

كتيبه مالياتي:
در بالاي درب ورودي مسجد ( قسمت بيروني ) به كتيبه اي ( لوح ) سنگي برمي خوريم كه فرمان معافيت مالياتي بنا از طرف محمد شاه قاجار مي باشد و مضمون آن از اين قرار است:
« به حكم محكم شاهنشاه عادل ، بأذن محمد شاه قاجار خلدا... ملكه و احسانه ، حسب الخواهش جناب شريف آداب حجت الاسلام ملامحمد مهدي نراقي ، منال ديواني قصابي و دباغي كاشان به موجب فرمان مبارك مقرر آمده از تكاليف ديواني معاف شد ، خلاف كننده به لعنت خدا گرفتار شود في المحرم 1256»
در سر در اين مسجد 32 يا ( 23 ) نوع هنر كار شده است.

درب ورودي:
تعدادي ميخ در آن به كار رفته شده كه تعداد آنها در دولنگه درب دقيقاً 6666 عدد به تعداد آيات قرآن كريم مي باشد. استفاده از اين ميخ ها دوعلت دارد:
1- در قديم هنگام هجوم اقوام مهاجم ، مردم داخل مسجد پناه مي گرفته اند ، استفاده از اين ميخ ها داخل در باعث مي شود تا در استحكام فوق العاده اي يافته و شخص مهاجم از بيرون به هيچ وجه نتواند با تبر در را خُرد كند.
2- علتي كه باعث شده بعد از 180 سال در هنوز اينقدر سالم بماند اين است كه ميخ بعد از مدتي داخل چوب زنگ مي زند و حالت تُردی به چوي مي دهد كه موريانه از آن خوشش نمي آيد و به آن كاري ندارد.
روي دو دستگيره در هم دو بيت شعر از سعدی نوشته شده : « زيبا تر از تو در نظرم هيچ منظري / كس درنيامدست به اين خوبي از دري / اول منم كه در همه عالم نيامده / ديگر نياورد چو تو فرزند مادري».

راهروهاي اطراف:
علت تعبيه اين راهرو افراد سالمند بوده اند تا به راحتي از آن عبور نمايند . قسمت بعدي برآمدگي است به نام « پاچنگ » و علت تعبيه آن هم اينست كه شخصي كه از بيرون داخل مسجد مي شود از دالان هاي كناري عبور كند تا احترام و قداست مسجد حفظ گردد. 

مهتابي يا زمستانه نشين:
هنگام زمستان از آن استفاده مي شده است ، سنگ هایي در وسط آن وجود دارد که علت تعبيه آنها تأمين نور اتاق های پايين است . جنس سنگ ها مرمر است و مرمر تنها سنگي است كه نور از آن عبور مي كند . مسجد آقا بزرگ تنها مسجد 5 طبقه ي دنياي اسلام مي باشد.
سبك به كار رفته در اين مسجد گودال باغچه بوده و مزاياي اصلی استفاده از اين سبك عبارتست از: 1- ضد زلزله شدن بنا 2 –استفاده از مصالح برداشته شده از كف در ديوارها و طاق ها به عنوان خشت و گل 

شبستان:
به محض ورود به داخل شبستان هر مسجدي اولين قسمتي كه توجه ما را به خود جلب مي كند « قبله و محراب » شبستان است ولي در مسجد آقا بزرگ بر خلاف بقيه مساجد و پيرو اصل رعايت تقارن توسط معمار؛كنار شبستان بنا گرديده است (نه در وسط). 
جهت قبله ي محراب با عبارت « يا قاضي الحاجات » مشخص گرديده است . اطراف محراب كتيبه اي با خط ثلث (سوره های شمس و اعلی) و از جنس ساروج وجود دارد . بالای محراب هم براي انعكاس بيشتر صداي پيش نماز در كل مسجد کانالی تعبيه گرديده است. 

قسمت زير گنبد (مقصوره) :
معماراين قسمت را با 4 ضلع سپس 8 و 16 و... آغاز كرده تا به دايره رسيده و نهايتاً دايره ها را به شمسه اي رسانده كه در معماري نشانه ي احديت و يگانگي خداوند متعال مي باشد . فضای داخلی گنبد با کتیبه ای از سوره فتح تزئین گردید است. 
گنبد اين مسجد نيز سه لايه است . بیشترین محیط دایره برای گنبد 50 متر و ارتفاع نوک گنبد از سقف مسجد حدود 18 متر می باشد.

حياط برف انداز:
حياطي است در قسمت انتهايي بنا جهت تخليه برف هاي گنبد، در وسط آن چاهي تعبيه گرديده تا برف ها به مرور آب شده و از طریق آن تخليه شوند. نحوه برف روبی بام مسجد نیز در نوع خود جالب بوده. زنجیری به نوک گنبد متصل بوده و با گردش زنجیر، برف نشسته بر فضای بیرونی گنبد تراشیده و به حیاط برف انداز ریخته می شده است.
زير حياط برف انداز چاهي قرار دارد كه بين مردم كاشان به چاه امام زمان معروف است و مردم براي برآورده شدن حاجاتشان در كنار اين چاه نماز مي خوانند و عريضه داخل چاه مي اندازند.
حياط هاي اطراف شبستان تقارن ندارند يكي مسقف و محصور و ديگري بدون سقف و از 4 طرف آزاد مي باشد .در توضيح اين عدم تقارن بايد بگوييم كه زمان ملامحمد مهدي صاحب اوليه دو حياط قرينه ي هم بوده اند ولي بعد از مدتي فرزند ملا محمد مهدي اطراف يكي از آنها را پوشانده و مسقف مي كند و شبستان مسجد را به آنجا انتقال مي دهد. 

در قسمت چپ محوطه حياط اصلی ( از درب ورودي ) مقبره اي مي بينيم متعلق به خاندان نراقي كه فرزند و نبيره و فرزند نبيره ي ملا محمد مهدي (شهید علی) در آن خاك هستند . خود ملامحمد مهدي در قم و پدرش (ملا محمد مهدی بزرگ) در صحن صغیر حضرت علی (ع) در نجف مدفون می باشند.
در اين مقبره از درهاي « اُرُسي » ( عمودي باز شو ) استفاده شده كه در آنها هنر گره چيني زيبايي را مي توانيم رويت كنيم.
بناي مسجد و مدرسه ي آقا بزرگ مجهز به دو عدد بادگير هم مي باشد . همچنین در این مسجد تاکنون چند فیلم و مجموعه تلویزیونی و سینمایی هم ساخته شده که مشهورترین آنها : طوقی ، عیاران و ملاصدرا می باشد.
بنای مسجد و مدرسه آقابزرگ در تاریخ یازدهم آذرماه سال 1330 خورشیدی در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.

منبع : سایت کی آشیان